Jan Leopold z Funfkirchenu (zemř.1710) měl určité nesrovnalosti jak s paulány, tak s novobystřickými měšťany kvůli výši daní a podřízenosti měšťanstva vrchnosti. Spor byl uzavřen až za jeho syna rozhodnutím cisaře Karla VI ve prospěch měšťanů, kteří tímto přestali být nevolníky a zůstali pouze poddanými. V závěti pak odkázal Jan Leopold Novobystřicko staršímu synovi Janovi Adamovi a Chlumec mladšímu Janovi Františkovi, přičemž jejich regentkou prozatím zůstala jejich matka Marie Esthera. Město i s předměstími čítalo tehdy roku 1713 150 domů, bylo tu 8 řezníků, 29 soukeníků, 2 holiči, 2 zámečníci, 1 zedník, 2 šenkýři, 5 punčochářů, 3 bednáři, 2 kamnáři, 1 sklenář, 1 puškař, 1 kominík, 2 truhláři, 2 koláři, 7 ševců, 7 krejčích, 1 výrobce svíček, 1 koželuh, 2 brašnáři, 1 pekař, 5 povozníků, 1 celník, 1 hrobník, 1 vrchnostenský dozorce, 1 sedlář, 1 perníkář, 1 ranhojič, 1 lazebník, 8 zemědělců, 1 pradlena a 1 zámecký zahradník. Za kováři se jezdilo do přilehlých obcí. Panský správce měl k ruce jednoho písaře a jednoho poslíčka. Řemeslničtí mistři byli tehdy pořád ještě sdruženi v ceších a pro vykonávání určitého řemesla bylo nutné přijetí do určitého cechu. Existoval přísný cechovní řád, na druhé straně měly cechy od vrchnosti udělená různá privilegia. V Nové Bystřici byl ze všech nejdůležitější cech soukeníků, soukeníci měli i vyhrazená místa na empoře v kostele sv.Petra a Pavla. Cechovnictví se udrželo až do revolučního roku 1848.Ani tato doba však nebyla příliš klidná . Roku 1741 byl Jindřichův Hradec obsazen Francouzi a ušetřeny nezůstaly ani okolní obce. Roku 1742 tudy táhli maďarští husaři a v témže roce i císařský regiment. Roku 1744 Novou Bystřici pro změnu obsadili Prusové.

Po smrti Jana Adama z Funfkirchenu r.1748 připadlo dědictví dceři Antonii, pozdější choti vévody Karla Ignaze z Clary a Aldringenu. Boje probíhaly dál. Roku 1757 za tzv. Sedmileté války bylo přes 2000 raněných vojáků odtransportováno do Nové Bystřice, zdejší muži byli svévolně rekrutováni do války, po okolních lesích se potloukaly zlodějské bandy jako za třicetileté války a vůbec nastal všeobecný úpadek morálky.V letech 1770-1771 v důsledku hladomoru zemřelo v Rakousko-Uhersku kolem miliónu lidí a velká neúroda zasáhla i tento kraj.

Ve stejném roce udeřil do hlavní věže Landštejna blesk a hrad vyhořel tak, že již od té doby zůstal zříceninou. 1.5.1774 vypukl o půlnoci v zámku opět velký požár, zámek, kostel, radnice, 68 domů a 33 stodol shořely nebo byly silně poškozeny. Zámek pro nedostatek finančních prostředků již nikdy nebyl postaven v bývalém rozsahu. Náměstí tehdy obdrželo po znovuvystavění svoji dnešní podobu a roku 1768 zde byly domy poprvé očíslovány. V okolí Nové Bystřice se šířilo pěstování lnu a začaly se rozvíjet manufaktury. Hraběnka Antonie byla dosti marnotratná žena, která léto trávila v Nové Bystřici a zimu ve Vídni. Aby dokázala krýt náklady, byla nucena prodat různé části panství, mj. i Ovčárnu.V té době byl josefínskými reformami zrušen i zdejší paulánský klášter se 13 mnichy. Hraběnka tehdy skoupila jejich pozemky, které pak výhodně rozprodávala dál. Tak vznikla osada Klášter, hraběnka zde nechala rovněž upravit byt pro faráře a učitele.Zemřela koncem roku 1799 ve Vídni, byla převezena do Nové Bystřice a pochována v kostelní hrobce. Dcera Karolína podstoupila novobystřické panství strýci hraběti Františku Janu z Funfkirchenu a od něho ho roku 1807 získal pražský měšťan František Loubal, v jehož vlastnictví zůstalo panství tři roky. Pan Loubal propustil všechny vrchnostenské úředníky, aby je mohl nahradit svými a zdejší panství pokládal pouze za snadný zdroj peněz. Poté, co Nová Bystřice 1807 obdržela finanční odškodnění za škody způsobené francouzskou válkou v hodnotě téměř 22.500 zlatých, František Loubal je použil pro své účely. Aby mohl za Albeří pod Osikou vystavět železný hamr , nechal r. 1810 odstranit železné plechy z druhého poschodí zámku, v důsledku čehož bylo nakonec později druhé poschodí zrušeno úplně (1843). Vzhledem k dluhům byl František Loubal donucen v témže roce panství prodat.

Novobystřicko koupila hraběnka Terezie z Trautmannsdorfu. Ta se rozhodla vylepšit finanční situaci pomocí tzv majetkové loterie. Los tehdy získal jakýsi Rakušan z Tyrolska, který však po zhlédnutí panství a úředních knih los prodal zpět hraběnce, která se tímto svérázným způsobem zbavila části dluhů. Poté dokončila za Albeří stavbu železných hamrů a vysoké pece (Terezín) a nechala zde postavit i pozdně barokní zámeček .Železná ruda se dovážela ze Županovic a Bolíkova u Slavonic a zde se vyráběly hřebíky, obruče, litá kamna a hřbitovní kříže. (O čtyřicet let později byla vysoká pec zrušena, pro železářský průmysl nebyly na Novobystřicku přirozené podmínky). Roku 1817 prodala hraběnka panství baronu Antonínu Hochbergovi z Hennersdorfu. Novobystřicko tak získalo po dlouhé době schopného pána, starajícího se o blaho panství a jeho obyvatel. Bylo po napoleonských válkách a panství začalo vzkvétat, baron byl u zdejších lidí také velmi oblíben (zemř.1828). Panství zdědila dcera Marie, choť Matyáše von Riese-Stallburg. Brzy opět došlo ke sporu města s novou vrchností, neboť baronka žádala , aby šenkýři nalévali pouze vrchnostenské pivo. Novobystřičtí občané, z nichž 127 mělo právo šenkovat, nakonec proces vyhráli. V té době začala být používána pro dopravu nám známá cesta z Heidenreichsteinu přes Novou Bystřici na Jindřichův Hradec, do té doby se jezdívalo do Hradce přes Reingers-Hirschenschlag-Artoleč- Novou Bystřici-Hradiště a Číměř. Roku 1834 bylo novobystřické hlavní náměstí vydlážděno.

Počátkem čtyřicátých let zde již působila firma bratrů Ehrendorfových na výrobu plátna zaměstnávající 300 lidí, dále bavlnářská fabrika Františka Kollmanna, která ve městě a okolí zaměstnávala kolem 1000 zaměstnanců, byl zde 1 doktor, 1 felčar, 1 lékárník a 2 porodní báby. Město mělo 2 dobytčí a 7 ročních trhů, týdenní trhy se tu nekonaly, dále se zde nacházel špitál a chudobinec. Dědicové rodu Riese-Stallburgů drželi pak panství až do roku 1900.