Listinou z 11.12.1381 předal král Václav, syn Karla IV, Kunrátovi (Konrádovi) z Krajku panství Bystřice a Landštejn, nacházející se tehdy v královské správě výměnou za Lomnici s podmínkou, že hrad Landštejn bude vždy otevřen českým králům a kdyby jej s Bystřicí chtěli prodat, musí jej přednostně nabídnout králi. Rod Von Kraig pochází z rakouských Korutan, kde jeho představitelé již ve 13. století zaujímali významné úřady. Krajířové věnovali pozornost výstavbě Bystřice a opevnění a věnovali se též zakládání rybníků. Kunrát z Krajku se stal nejvyšším hofmistrem v Čechách a u královského dvora působil celých pět let, dokud ho velmi ošklivě nepokousal královský pes. Když se roku 1384 konaly zásnuby syna Jiřího s Klárou, dcerou Heřmana z Hradce, byl v listině poprvé zmíněn i bystřický hrad, pozdější zámek.

Po brzké smrti otce zdědil 1399 Landštejn Lipolt z Krajku a po nějaké době převzal i bystřické panství. Počátkem 15. století byl Lipolt ve sporu z pány z Rožmberka a z Hradce. Vzájemné výpady a ničení majetku těžce postihlo i řadu vesnic v okolí Bystřice. Jan ml. z Hradce se dokonce zmocnil i Bystřice se zámkem a vrátil je až 1405 po uzavření příměří. Lipolt z Krajku byl při vypuknutí husitských nepokojů královským hejtmanem v Budějovicích a coby věrný katolík odpůrcem husitů. Spolu s Ulrichem z Rožmberka táhl na příkaz krále Zikmunda na Tábor. Dříve než jim však rakouské vojsko mohlo přispěchat na pomoc, husité zaútočili a Lipolt s Ulrichem utrpěli těžkou porážku. Jan Žižka se vydal před Sedlo na Bystřici a po nedlouhém, nejspíš osmidenním obléhání husité, vyzbrojeni kušemi, luky, halapartnami, cepy, kopími a vidlemi město nejspíš koncem září 1420 vinou zrady dobyli. Zámecká paní Anna von Meseritsch, žena Lipolta z Krajku, byla spolu s dcerou Dorotou odvedena do husitského zajetí, odkud se však Lipoltovi podařilo je osvobodit. Město bylo husity plundrováno a drancováno, obyvatelé nahnáni na náměstí a tam z velké části pozabíjeni a nakonec byla celá Bystřice vypálena. Stejný osud jako Bystřici potkal i nedaleký Ličov, pouze na mohutný hrad Landštejn si husité netroufli. Obě města však byla poměrně brzo znovu vystavěna, Bystřici se nejspíš od té doby začalo říkat Neu Fistritz, později Neubistritz, tedy Nová Bystřice. Pro zlepšení obranyschopnosti města byl tehdy zbudován násep, kdy mezi ním a hradební zdí protékal Mlýnský potok.

Po smrti Lipolta z Krajku (1433, pohřben ve Vídni) se dědictví ujal synovec Volf Krajíř, vlastník mnohých držav na Moravě a stoupenec utraquistů se sklonem k češství. Psal se Krajirz z Krajku a většinu času se zdržoval ve zdejším zámku. R.1482 vydal listinu, v níž bystřickým měšťanům znovupotvrdil jejich práva. Po jeho smrti (měl sedm dětí) převzal r.1491syn Jiří Landštejn a syn Kunrát III novobystřické panství, po brzkém skonu Jiříka se Kunrát stal poručníkem jeho dětí a převzal na určitou dobu i správu nad Landštejnem. Kunrát III z Krajku pozval do této krajiny paulánské mnichy a listinou z 24.6.1501 u tří léčivých pramenů blízko osady Konrač založil klášter s kostelem Nejsvětější Trojice a daroval jim les směrem na Albeř a šest rybníků k tomu. Klášter se stal poutním místem. Nový klášter byl pojmenován Sana cella (něm.Heilbrunn, česky by tedy nejlépe odpovídal název Dobrá voda) Tvrdívalo se, že studánka pod kostelem, do níž voda ze tří jmenovaných pramenů vtéká, je léčivá a pomáhá mj. při očních obtížích. Studánka byla nazvána Vaterbrunn, to jest studánkou sv. otce Františka z Pauly a v nynější podobě trvá od r.1751. Pauláni zde s přestávkami působili až do r.1785, kdy byl klášter zrušen císařem Josefem II pro malý počet mnichů. Roku 1513 předal Kunrát III Krajíř novobystřické panství svému synovci Volfovi II. Tento byl králem Ferdinandem povýšen do baronského stavu a psal se "Wolf von Kraigh. St. na Nové Bystřici a Landštejně, rada a vrchní purkrabí pražský římského císařského Veličenstva".Volf Krajíř sloužil věrně Habsburkům a za své služby dostal od nich do zástavy rakouské panství Ličov. Coby předseda zemského sněmu dosáhl na panovníkovi Ferdinandovi I, toho že byl roku 1549 sepsán tzv. .hraniční protokol, podrobně popisující průběh hranice mezi landštejnsko-bystřickým a ličovským panstvím. Po bělohorské bitvě pozbyla zemská hranice na významu až do vzniku Československa a teprve nyní po čtyřech a půl století byly tři z těchto historických hraničních mezníků díky snaze ing.Vladimíra Kuchyňky z Jindřichova Hradce nalezeny.

Počínaje reformací Martina Luthera r.1517 se i u nás začalo šířit evangelické učení. A právě za Volfa II došlo k prvním potyčkám mezi katolíky a podobojími. 22.7.1533 přepadla jedna bojovná sekta novokřtěnců katolíky z Konrače, Blata a již neexistujících Praunšláků během mše v kostele Nejsvětější Trojice, 40 mnichů povraždili, klášter zničili a věřící pronásledovali až do jejich domovů, které jim zapálili. Vesnice lehly popelem a klášter zůstal 100 let opuštěn. Luteránské učení se však i nadále šířilo, ve Starém městě a Ličově měli na rozdíl od Nové Bystřice dokonce protestantské faráře.

Obyčejným lidem se tehdy rozhodně nežilo lehko. Domy se stavěly většinou dřevěné se slaměnými nebo šindelovými střechami, požáry nebyly žádnou výjimkou a hasičské sbory ještě neexistovaly. S tureckými válkami na jihu se i k nám dostala hrozná morová epidemie, a to hlavně kolem roku 1535.Velká neúroda roku 1552 s sebou přinesla také drastické zdražení potravin. Sedláci ze zdejších vsí ztratili usnesením zemského sněmu v sedmdesátých letech 16. století svou svobodu a směli se v budoucnu stěhovat pouze se svolením pána a až po složení vysoké finanční částky. Po smrti Volfa II (měl pět synů) zdědili r.1554 novobystřické panství Vilém a Jan z Krajku. Jan, který nepřiměřenými výdaji panství zadlužil, zemřel bez potomků již v pětatřiceti letech a byl pochován ve zdejším kostele vlevo od oltáře.Vilém Krajíř se stal vlastníkem celého panství. V roce 1571 u něho strávil jeden den na zámku také arcikníže Ferdinand Rakouský. Rovněž Vilém však zemřel bez potomků (1572), čímž Krajířové z Krajku vymřeli po meči, a ve své závěti věnoval finance na stavbu menšího hřbitovního kostela, pozdějšího kostela sv.Kateřiny (post.1585), rovněž na nemocnici a chudobinec. Panství Nová Bystřice (patřily k němu obce Albeř, Žišpachy, Kutbrun-Dobrá Voda, Klenová, Artoleč, Peršlák, Lhota, Koproun, Kuňov, Romava a nové osady Rejchýřov a Klášter) bylo v té době již natolik zadlužené, že bylo nakonec rozhodnuto ho r. 1575 prodat císařskému radovi Janu staršímu z Lobkovic a tím také po 194 letech skončilo na Novobystřicku panování pánů Krajířů z Krajku.